PPTQ Nurul Furqon 2 didirikan dan diasuh oleh Agus Mochammad Nafis Muhajir (putra pertama KH. Mochammad Chusaini pendiri Yayasan Al-Chusainiyah daerah Timur Pasar Besar Malang), bersama Ning Rovita Agustin Zulaiminah, atas saran dari gurunda KH. Dimyati (pengasuh PPTQ Ulumuddin Ad-Dimyati Bulupitu Gondanglegi Kab. Malang) dan KH. Isroqunnajah (pengasuh PPTQ. Nurul Huda Metro Kota Malang) terkait pengembangan pesantren Yayasan Al Chusainiyah, sehingga merujuk pada rumah di jl. Sumbersari gang 1 nomor 03 Lowokwaru Kota Malang (250 meter dari kampus UIN Maulana Malik Ibrahim Malang) yang sebelumnya selalu dikontrakkan agar dialih fungsikan menjadi hunian khusus penghafal Qur’an. Namun saran tersebut tidak langsung direalisasikan, ada diskusi panjang yang dilalui antara Gus Nafis dan Ning Rovita. Setelah diskusi tersebut, Buya Nafis dan Ning Rovita terus mantap untuk menjalankan saran pengembangan pesantren dan beliau berdua langsung sowan kepada Abah Kyai Chusaini. Alhamdulillah mendapat respon yang positif. Bahkan saat itu juga, Abah Kyai Chusaini langsung memberikan wejangan terkait manajemen pengelolaan pesantren tahfizh kepada Ning Rovita, Abah Kyai juga dawuh akan membincang persoalan ini dengan Gus Nafis secara khusus. Al-hasil, Gus Nafis pun menyetujui pembukaan pesantren baru yang beralamatkan di Jl. Sumbersari gang 1 nomor 03 Kota Malang.

Pada tanggal 17 Agustus 2016 diresmikanlah Baitu Tahfizh Qur'an Nurul Furqon (BTQ Nufo) menjadi awal nama pesantren yang dirintis oleh Gus Nafis dan Ning Rovita. Dengan kapasitas 24 santri. Sistem pembelajaran tahfizh (menghafal) di pesantren asuhan Gus Nafis ini menggunakan metode talaqqi yaitu cara belajar dan mengajar secara langsung berhadapan antara guru dan murid sebagaimana cara Rasulullah SAW pada para sahabatnya. Sehingga keaslian bacaan teks al-Qur‟an yang disetorkan oleh murid/santri dapat dicek secara langsung kebenarannya oleh sang guru (Gus Nafis). Maka, siapapun santri baru meskipun sebelumnya telah memiliki hafalan Qur'an wajib menyetorkan hafalan Qur‟annya dari permulaan juz ke-30 kemudian bergulir ke juz 1 hingga mencapai 30 juz sempurna. Kesempurnaan talaqqi 30 juz ini menjadi perhatian yang sangat penting, sebab syarat mutlak bagi santri untuk mengikuti wisuda tahfizh dan mendapatkan syahadah tahfizh serta ijazah sanad tahfizh yang muttashil (sambung) hingga Rosulullah saw.

Begitu banyaknya peminat nyantri di BTQ Nurul Furqon, sedangkan kuota telah penuh. Maka, Gus Nafis dan Ning Rovita berupaya mencari hunian baru. Tersebutlah di jalan Raya Candi VI nomor A2 Perum Pesona Bougenvile Regency (tepi jalan raya poros gasek) yang berjarak 400 meter dari gerbang belakang kampus UIN Maliki Malang. Dan pada hari Rabu tanggal 03 Februari 2021 dilokasi tersebut, nama Baitu Tahfizh Qur‟an Nurul Furqon diubah menjadi Pondok Pesantren Nurul Furqon 2 (PPTQ Nufo 2) dengan harapan semoga pesantren ini semakin berkembang pesat dalam syiar Qur‟an dan lebih banyak lagi melahirkan Hammalatul Qur‟an dari masa ke masa. Tak berakhir disini saja, peminat nyantri di PPTQ Nurul Furqon 2 bertambah banyak, maka dari itu Gus Nafis dan Ning Rovita mencari hunian baru yang lebih luas untuk para santri yang akan bermukim. Tersebutlah di jl. Sumbersari Gang 3 nomor 190 yang berlokasi tak jauh dari cabang yang pertama. Dengan demikian, PPTQ Nurul Furqon 2 memiliki tiga lokasi yaitu disebut Al Aqliyah yang berlokasi di Jl. Sumbersari Gang 1 nomor 3 Kota Malang, Al Wafiyah yang beralamatkan di Jl. Raya Candi VI Perum Pesona Bougenvile Regency nomor A2 Kota Malang dan Ar Raihanah yang berlokasi di Jl. Sumbersari Gang 3 nomor 190 Kota Malang.

Seiring berjalannya waktu, PPTQ Nurul Furqon 2 telah mencetak pengahafal Qur‟an sejumlah 3 wisudawati di periode I pada tahun 2018, periode II pada tahun 2020 sejumlah 8 wisudawati, periode III pada tahun 2022 sebanyak 12 wisudawati, dan periode VI pada tahun 2024 sebanyak 22 wisudawati. Selain kegiatan menghafal Qur‟an, di PPTQ Nurul Furqon 2 juga mengkaji tafsir, hadits, dan fiqih yang diampu oleh asatidz alumni Sudan dan Mesir. Adapun amaliyah ubudiyah di PPTQ Nurul Furqon 2 sesuai amalan ahlussunnah wal jama‟ah an-nahdliyah. Selain itu, PPTQ Nurul Furqon 2 juga membekali para santri dengan ilmu keorganisasian dan kepemimpinan yang diharapkan kelak mereka siap memimpin kaumnya dan masyarakat secara baik dan mandiri.