Pondok Pesantren Al-Hikmah Al-Fathimiyyah merupakan salah satu lembaga pendidikan pesantren yang didirikan untuk mempersiapkan kader pemimpin umat yang memiliki kedalaman ilmu pengetahuan agama dan memiliki ketrampilan profesional dalam mengembangkan dan membangun masyarakat. Setidaknya ada dua faktor utama yang melatarbelakangi pendirian lembaga ini : Yang pertama didasarkan atas faktor kondisi ekstren dimana kondisi Riil masyarakat sekitar pesantren khususnya penduduk asli, masih tergolong minus pendidikan agama yang secara umum buta aksara al-Qur'an. Kondisi ini diperparah oleh masih minimnya kesadaran beragama sehingga belum terdapat fasilitas pendidikan keagamaan yang memadai. Faktor yang kedua berangkat dari kondisi intern pesantren untuk memiliki wahana pusat pelatihan dan pengkaderan para santri di bidang Dakwah. Lembaga ini dimaksudkan untuk memberikan bekal berupa pemberian materi diniyah keislaman, penempaan hidup berdasarkan atas ajaran agama dan pengalaman hidup bersama untuk mengembangkan tanggung jawab pribadi dan tanggung jawab sosial. Untuk mencapai tujuan tersebut Pondok Pesantren Al-Hikmah Al-Fathimiyyah melakukan upaya pengembangan fasilitas fisik berupa kamar tinggal santri, musholla, ruang kelas untuk kegiatan belajar mengajar dan aula yang berfungsi sebagai tempat pelaksanaan acara yang dilakukan oleh pesantren. Upaya lain yang tidak kalah pentingnya adalah pengembangan kurikulum dan materi ajar serta pengajaran al-Qur'an dan diniyah. Dengan adanya pesantren tersebut diharapkan para santri setelah menyelesaikan studi di pesantren memiliki ketrampilan dan pengalaman dalam mengembangkan dakwah Islam khususnya di bidang pendidikan Islam di masyarakat masing-masing.

Visi Pesantren :

Menjadi lembaga pendidikan pesantren yang unggul untuk melahirkan kader-kader muslimah yang beriman, bertaqwa, berakhlakul karimah, beramal saleh, serta memiliki kedalaman ilmu agama Islam yang berhaluan Ahlu Sunah Wal Jama'ah, berwawasan luas, dan bermanfaat bagi masyarakat.

Misi Pesantren :

1. Menyelenggarakan pendidikan yang berkualitas dalam penyelenggarannya dan berbasis nilai-nilai agama Islam yang berhaluan Ahlu Sunah Wal Jama'ah untuk mempersiapkan kader-kader muslimah yang beriman, bertaqwa, berakhlakul karimah, dan beramal saleh.
2. Menyelenggarakan pendidikan dan pembinaan secara profesional dan intensif dalam mempersiapkan kader-kader muslimah agar memiliki kedalaman ilmu agama dan mampu mengaplikasikan ajaran agama serta memegang teguh norma agama sebagai rujukan nilai didalam semua aspek kehidupan.
3. Melaksanakan pembinaan intensif untuk mempersiapkan kader-kader muslimah yang mampu menggali dan mengembangkan potensi diri dengan baik.
4. Melaksanakan pembinaan intensif untuk mempersiapkan kader-kader muslimah yang mampu melibatkan diri secara aktif dalam proses pembinaan dan pengembangan masyarakat.

Tujuan Pesantren :

Membentuk generasi muslimah salihah yang memiliki kedalaman ilmu agama dan mampu berperan aktif dalam kegiatan pengembangan masyarakat sesuai dengan bidang keahlian masing-masing.