Pondok Pesantren Syaiurrifa’ pada awalnya bernama PPPI (Pendidikan Pondok Pesantren) Syaiurrifa’, yang didirikan oleh Ustadz Abdul Karim, pada tanggal 05 Desember 2002, di Perum Griya Tunggul Asri Kav. 9A Jln. Saxophone Bawang-Tunggulwulung Malang.
Pada mulanya PPPI (Pendidikan Pondok Pesantren Islam) Syaiurrifa’, didirikan untuk mengisi kekosongan kegiatan keagamaan yang ada di daerah Bawang-Tunggulwulung Malang, khususnya di Jln. Saxophone Kav. 9A Perum Griya Tunggul Asri Malang, dengan pendidikan berbasis pesantren yang berjalan kurang lebih empat tahun dimulai pada tahun 2002-2006.
Namun, dalam perkembangannya, PPPI (Pendidikan Pondok Pesantren Islam) Syaiurrifa’, mengalami kemandekan. Hal ini disebabkan karena faktor lingkungan yang kurang mendukung, fasilitas yang kurang memadahi dan kondisi para santri yang sudah banyak bekerja, menikah dan hal-hal lain yang menghambat perkembangan, PPPI (Pendidikan Pondok Pesantren Islam) Syaiurrifa’.
Untuk mengatasi keadaan seperti yang disebutkan diatas, maka para pengurus, PPPI (Pendidikan Pondok Pesantren Islam) Syaiurrifa’, berusaha mengembangkan pendidikan yang lebih luas diantaranya ada pendidikan al-Qur’an, Madrasah Diniyah Takmiliyah, dan Program Pesantren bagi santri yang ingin bermukim di PPPI ini.
Sembari kegiatan berjalan, pada tahun 2015 bulan Januari PPPI mendaftarkan diri untuk legalitas organisasi yaitu Akte Notaris PPAT Rosyad, S.H serta SK Kementerian dengan No. AHU 0005372AH01-04 Tahun 2015 sehingga PPPI resmi berganti nama menjadi Yayasan Pondok Pesantren Syai-Urrifa’.
Dengan terbitnya legalitas kelembagaan serta badan hukum tersebut semakin memperkuat status hukum lembaga bahwa lembaga ini benar-benar diakui dan dilindungi oleh negara.


Adapun yang menjadi visi dari terbentuknya Pondok Pesantren Syaiurrifa’adalah sebagai lembaga pendidikan Islam yang mengedepankan amaliah ahlussunnah wal jama’ah untuk mencetak santri yang religius, mandiri, berwawasan global dan berakhlakul karimah.
Sedangkan untuk misi pondok pesatren diantaranya adalah :
1. Membekali santri dengan ilmu al-Qur’an untuk menuju generasi yang religius dan berakhlakul karimah.
2. Memberikan pendidikan diniyah sebagai bekal santri menguasai wawasan keislaman dan berwawasan global.
3. Mendidik santri menjadi pribadi yang mandiri dengan metode pembelajaran langsung yaitu diantaranya bercocok tanam, belajar usaha di koperasi, memasak di dapur, serta menjalin silaturahim secara langsung dengan masyarakat.